Situada 400 años en el futuro, una epidemia ha aniquilado a la mayor parte de la población, dejando solo una ciudad amurallada, Bregna, que es dirigida por un congreso de científicos. Aeon Flux (Charlize Theron) es la agente más destacada del grupo rebelde 'Monican', encabezado por Handler (s McDormand). Al recibir la misión de eliminar al líder del congreso, Aeon se adentra en un universo de secretos que la obligan a cuestionar su lealtad y a preguntarse de qué lado se encuentra en realidad.
