Esta película completamente creada por ordenador es la secuela del videojuego de Square Enix, Final Fantasy VII, y es parte de la estrategia de la compañía para concluir la narrativa de la saga. La historia se desarrolla dos años después de los eventos de Final Fantasy VII. Cloud Strife, el personaje principal, reside en soledad en la iglesia de Aeris y se encuentra afectado por una misteriosa enfermedad conocida como GeoStigma, un virus que lo está debilitando progresivamente, robándole su vitalidad...