La película se compone de nueve narrativas entrelazadas que se desarrollan en el Valle de San Fernando, en Los Ángeles: un niño genio, el conductor de un programa de televisión, un ex-niño prodigio, un hombre en su lecho de muerte, su hijo desaparecido, la esposa y el enfermero del moribundo. Aunque estas historias parecen ser autónomas, existe entre ellas una conexión peculiar. "Magnolia" ofrece un retrato de la vida estadounidense a través de una serie de viñetas que son tanto humorísticas como emotivas.
