Durante décadas, los extraterrestres han coexistido en nuestro planeta, camuflándose entre la población sin que nadie se diera cuenta. Los Hombres de Negro son agentes de una organización gubernamental sumamente secreta, responsables de supervisar a estos seres de otros mundos. En la actualidad, dos de estos agentes, uno con amplia experiencia y otro que acaba de unirse al equipo, tienen la tarea de monitorear a los alienígenas que residen en Nueva York. Sin embargo, pronto se encuentran con un terrorista intergaláctico que planea destruir a la humanidad.
